1980年，國家設立深圳經濟特區。特區成立初期未設政協組織。深圳市政協的前身是深圳市政務咨詢委員會。1989年1月，中共深圳市委下發《關于成立市政務咨詢委員會籌備委員會和市政務咨詢委員會籌備委員會辦公室成員組成的通知》，決定成立深圳市政務咨詢委員會籌備委員會，市委書記李灝兼任主任委員，市委副書記秦文俊、周溪舞兼副主任委員，委員22名。政務咨詢委員會定位為深圳市人民政府的高層決策咨詢機構及各民主黨派、無黨派人士、人民團體和人民群眾參政議政和民主監督的重要組織。1990年9月，根據中共深圳市委的決定，中國人民政治協商會議廣東省深圳市第一屆委員會籌備組成立，秦文俊任組長；10月，調整周溪舞任組長?；I備組共召開5次會議，討論通過了《關于召開政協深圳市第一屆委員會第一次會議籌備工作方案》，協商通過了第一屆委員會委員名單、提案委員會建議名單和大會選舉辦法（草案）等，為成立市政協作好了準備。

1990年12月，政協深圳市第一屆委員會第一次會議召開，標志著深圳市政協正式成立。委員116名，界別29個，常務委員22名，主席周溪舞。

1995年5月，政協深圳市第二屆委員會第一次會議召開，委員249名，界別34個，常務委員26名，主席林祖基。

2000年6月，政協深圳市第三屆委員會第一次會議召開，委員343名，界別32個，常務委員40名，主席李容根（2002年3月止）、主席李德成（2002年3月起）。

2005年5月,政協深圳市第四屆委員會第一次會議召開，委員384名，界別32個，常務委員57名，主席李德成（2008年4月止）、主席王順生（2008年4月起）。

2010年5月，政協深圳市第五屆委員會第一次會議召開，委員498名，界別32個，常務委員87名，主席白天（2013年1月止）、主席王穗明（2015年5月止）。至2013年7月，委員增補至516名，常務委員增補至93名。

2015年5月，政協深圳市第六屆委員會第一次會議召開，委員500名，界別32個，常務委員88名，主席戴北方（2020年9月止）、主席林潔（2020年9月起）。

2021年5月，政協深圳市第七屆委員會第一次會議召開，委員504名，界別32個，常務委員90名，主席林潔。